Unfortunately, I only have a German language list prepared (
https://www.imdb.com/list/ls058909444/) so I had to do this from scratch. To get a slightly different view I decided to do top 10s per decade, except the last 3 which I have seen painfully little from.
I let the 20s, 30s and 70s pass the top 10 mark, as there is so much greatness in these decades, you can consider them runner-ups as the total listing below is 120:
1920s:
1. Metropolis (1927, Fritz Lang)
2. Faust - Eine deutsche Volkssage (1926, F.W. Murnau)
3. Dr. Mabuse, der Spieler - Ein Bild der Zeit / Dr. Mabuse, the Gambler (1922, Fritz Lang)
4. Der Letzte Mann / The Last Laugh (1924, F.W. Murnau)
5. Von morgens bis Mitternacht / From Morn to Midnight (1922, Karl Heinz Martin)
6. Die Büchse der Pandora / Pandora's Box (1929, Georg Wilhelm Pabst)
7. Zhivoy trup / The Living Corpse (1929, Fyodor Otsep)
8. Die Nibelungen: Kriemhild's Revenge (1924, Fritz Lang)
9. Die Nibelungen: Siegfried (1924, Fritz Lang)
10. Hamlet (1921, Svend Gade & Heinz Schall)
11. Lucrezia Borgia (1922, Richard Oswald)
12. Der Golem, wie er in die Welt kam (1920, Carl Boese & Paul Wegener)
13. Spione (1928, Fritz Lang)
14. Tagebuch einer Verlorenen / Diary of a Lost Girl (1929, Georg Wilhelm Pabst)
15. Das Cabinet des Dr. Caligari. (1920, Robert Wiene)
16. Der Brennende Acker / Burning Soil (1922, F.W. Murnau)
17. Nosferatu, eine Symphonie des Grauens (1922, F.W. Murnau)
18. Die Abenteuer des Prinzen Achmed (1926, Lotte Reiniger)
19. Frau im Mond / Woman in the Moon (1929, Fritz Lang)
20. Othello (1922, Dimitri Buchowetzki)
21. Die letzte Droschke von Berlin / The Last Taxi in Berlin (1926, Carl Boese)
22. Adieu Mascotte (1929, Wilhelm Thiele)
23. Der müde Tod (1921, Fritz Lang)
24. Die Rothausgasse (1928, Richard Oswald)
25. Der steinerne Reiter / The Stone Rider (1923, Fritz Wendhausen)
26. Die weiße Hölle vom Piz Palü / The White Hell of Piz Palü (1929, Arnold Fanck & Georg Wilhelm Pabst)
27. Menschen untereinander / The People Upstairs (1926, Gerhard Lamprecht)
28. Helena (1924, Manfred Noa)
29. Geheimnisse einer Seele / Secrets of a Soul (1926, Georg Wilhelm Pabst)
30. Am Rande der Welt / At the Edge of the World (1927, Karl Grune)
1930s:
1. Der zerbrochene Krug / The Broken Jug (1937, Gustav Ucicky & Emil Jannings)
2. Der Blaue Engel / The Blue Angel (1930, Josef von Sternberg)
3. M (1931, Fritz Lang)
4. Der Kongreß tanzt / Congress Dances (1931, Erik Charell)
5. Das testament des Dr. Mabuse (1933, Fritz Lang)
6. Der Hauptmann von Köpenick / The Captain from Köpenick (1931, Richard Oswald)
7. Mazurka (1935, Willi Forst)
8. Wer nimmt die Liebe ernst... / Who takes love seriously? (1931, Erich Engel)
9. Mädchen in Uniform (1931, Leontine Sagan & Carl Froelich)
10. Liebelei (1933, Max Ophüls)
11. Kameradschaft (1931, Georg Wilhelm Pabst)
12. Sonnenstrahl (1933, Pál Fejös)
13. Viktor und Viktoria (1933, Reinhold Schünzel)
14. Fährmann Maria (1936, Frank Wisbar)
15. Westfront 1918 (1930, Georg Wilhelm Pabst)
1940s:
1. Liebe '47 (1949, Wolfgang Liebeneiner)
2. Münchhausen (1943, Josef von Báky)
3. Berliner Ballade (1948, Robert A. Stemmle)
4. Straßenbekanntschaft / Street Acquaintances (1948, Peter Pewas)
5. Rotation (1949, Wolfgang Staudte)
6. In jenen Tagen / In Those Days / Seven Journeys (1947, Helmut Käutner)
7. Zwischen gestern und morgen / Between Yesterday and Tomorrow (1947, Harald Braun)
8. Wir machen Musik (1942, Helmut Käutner)
9. Romanze in Moll / Romance in a Minor Key (1943, Helmut Käutner)
10. Die Feuerzangenbowle / The Punch Bowl (1944, Helmut Weiss)
1950s:
1. Die Brücke / The Bridge (1959, Bernhard Wicki)
2. Sterne (1959, Konrad Wolf)
3. Der Untertan / The Kaiser's Lackey (1951, Wolfgang Staudte)
4. Die Geschichte vom kleinen Muck / The Story of Little Mook (1953, Wolfgang Staudte)
5. Nachts, wenn der Teufel kam / The Devil Strikes at Night (1957, Robert Siodmak)
6. Der Tiger von Eschnapur / The Tiger of Eschnapur (1959, Fritz Lamg)
7. Das Indische Grabmal / The Indian Tomb (1959, Fritz Lang)
8. Das kalte Herz / Heart of Stone (1950, Paul Verhoeven)
9. Himmel ohne Sterne / Sky Without Stars (1955, Helmut Käutner)
10. Des Teufels General / The Devil's General (1955, Helmut Käutner)
1960s:
1. Die Parallelstrasse / The Parallel Street (1962, Ferdinand Khittl)
2. Ich bin ein Elefant, Madame / I Am an Elephant Madam (1969, Peter Zadek)
3. 1000 Augen des Dr. Mabuse, Die / The Thousand Eyes of Dr. Mabuse (1960, Fritz Lang)
4. Jagdszenen aus Niederbayern / Hunting Scenes from Bavaria (1969, Peter Fleischmann)
5. Katz und Maus / Cat and Mouse (1967, Hans Jürgen Pohland)
6. Spur der Steine / Trace of Stones (1966, Frank Beyer)
7. Der Fall Gleiwitz / The Gleiwitz Case (1961, Gerhard Klein)
8. Die Artisten in der Zirkuskuppel: Ratlos (1968, Alexander Kluge)
9. Detektive (1969, Rudolf Thome)
10. Lebenszeichen / Signs of Life (1968, Werner Herzog)
1970s:
1. Chinesisches Roulette (1976, Rainer Werner Fassbinder)
2. Stroszek (1977, Werner Herzog)
3. Jeder für sich und Gott gegen alle (1974, Werner Herzog)
4. Der Amerikanische Freund (1977, Wim Wenders)
5. Aguirre, der Zorn Gottes / Aguirre, Wrath of God (1972, Werner Herzog)
6. Welt am Draht / World on a Wire (1973, Rainer Werner Fassbinder)
7. Karl May (1974, Hans-Jürgen Syberberg)
8. Baal (1970, Volker Schlöndorff)
9. Bitteren Tränen der Petra von Kant, Die (1972, Rainer Werner Fassbinder)
10. Angst essen Seele auf / Fear Eats the Soul (1974, Rainer Werner Fassbinder)
11. Die Ehe der Maria Braun / The Marriage of Maria Braun (1979, Rainer Werner Fassbinder)
12. Winifred Wagner und die Geschichte des Hauses Wahnfried von 1914-1975 (1977, Hans-Jürgen Syberberg)
13. Die Dritte Generation / The Third Generation (1979, Rainer Werner Fassbinder)
14. Die Blechtrommel (1979, Volker Schlöndorff)
15. In einem Jahr mit 13 Monden / In A Year With 13 Moons (1978, Rainer Werner Fassbinder)
16. Unter dem Pflaster ist der Strand / Under the Pavement Lies the Strand (1975, Helma Sanders-Brahms)
17. Faustrecht der Freiheit / Fox and His Friends (1975, Rainer Werner Fassbinder)
18. Herz aus Glas / Heart of Glass (1976, Werner Herzog)
19. Hitler, ein Film aus Deutschland / Hitler: A Film from Germany (1977, Hans-Jürgen Syberberg)
20. Angst vor der Angst / Fear of Fear (1975, Rainer Werner Fassbinder)
21. Die Niklashauser Fart / The Niklashausen Journey (1970, Rainer Werner Fassbinder & Michael Fengler)
22. Frauen in New York (1977, Rainer Werner Fassbinder)
23. Der Fangschuß / Coup de grâce (1976, Volker Schlöndorff)
24. Mutter Küsters' Fahrt zum Himmel (1975, Rainer Werner Fassbinder)
25. Theodor Hierneis oder Wie man ehem. Hofkoch wird (1972, Hans-Jürgen Syberberg)
1980s:
1. Fitzcarraldo (1982, Werner Herzog)
2. Der Himmel über Berlin / Wings of Desire (1987, Wim Wenders)
3. Das Boot (1981, Wolfgang Peterson)
4. Johanna D'Arc of Mongolia (1989, Ulrike Ottinger)
5. Klassenverhältnisse / Class Relations (1984, Danièle Huillet & Jean-Marie Straub)
6. Rosa Luxemburg (1986, Margarethe von Trotta)
7. Lili Marleen (1981, Rainer Werner Fassbinder)
8. Freak Orlando (1981, Ulrike Ottinger)
9. Bilder der Welt und Inschrift des Krieges / Images of the World and the Inscription of War (1989, Harun Farocki)
10. Deutschland bleiche Mutter / Germany Pale Mother (1980, Helma Sanders-Brahms)
1990s-Present:
1. The White Ribbon (2009, Michael Haneke)
2. Victoria (2015, Sebastian Schipper)
3. Western (2017, Valeska Grisebach)
4. Kreuzweg / Stations of the Cross (2014, Dietrich Brüggemann)
5. Gegen die Wand / Head-On (2004, Fatih Akin)
6. Toni Erdmann (2016, Maren Ade)
7. Europa Europa (1990, Agnieszka Holland)
8. Der goldene Handschuh / The Golden Glove (2019, Fatih Akin)
9. Antigone (1992, Hulliet & Straub)
10. Sehnsucht / Longing (2006, Valeska Grisebach)